第一次注射疫苗，身体的免疫系统在初次遇到新冠病毒棘蛋白时，会产生一个不算太厉害的免疫反应，打第二针因为有了第一次的作用以后，免疫系统有经验了，所以会产生一个大反应，因而会有较大的副作用。
除此外疫苗第二针比第一针疼还可能与注射手法有一定的关系，疼痛较明显的话，在疼痛部位会有硬结、红肿的情况，按压有疼痛感，但一般几天后就可自行缓解，疼痛感也会随之减轻。
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