两者的杀菌原理不同：酒精消毒液杀菌原理是让病菌的蛋白脱水，从而破坏细菌的细胞膜，使其蛋白凝固失去活性，而次氯酸消毒液杀菌原理主要是利用次氯酸的氧化能力。
两者的使用范围也不同：酒精消毒液使用范围为人体表皮部位、创伤口、擦伤口、各类生产日用品、地板、拖把、器具等，而次氯酸消毒液除了给日常物品消毒，还可以用在饮水处理、游泳池消毒、污水和废水处理等方面，使用的范围比较广。
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