用水洗中药会使药材中含有的水溶性成分流失。不少药材含有水溶性的糖和苷类成分，水洗后，这些有效成分必将有一部分溶于水而流失，导致药效降低，影响治病效果。
中药方剂中不少药材是粉末状的，有的在配药的时候还要研碎，如龙骨，牡蛎，化湿粉等，如果先用水洗一遍，必然会导致这些药物的损失，从而影响疗效。
有的药材(如醋制延胡索，蜜灸麻黄，酒制大黄，胆南星等)在炮制过程中加入了蜜，醋，酒，胆汁等辅料，这些辅料都是易溶于水中的，若用水洗，会导致部分辅料流失。
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