甲癣通常可以通过直接镜检、真菌培养、组织病理检查等真菌检查可得出诊断。同时可以结合病甲表现如：浑浊、增厚、表面凹凸不平、变脆易碎、甲分层、变色、甲沟炎等可以辅助诊断。
1.甲下型甲癣：在病甲中取样做PAS染色易找到真菌，在甲板层中可见菌丝及关节孢子，甲质松解，常位于甲板的最下部。
2.真菌性白甲：真菌菌丝只局限于甲板的最上部位，很少波及较深层。甲板上部可见大量菌丝及关节孢子。
3.念珠菌性甲真菌病：通常伴有甲沟炎，在甲沟及甲床内碎屑切片中可见有菌丝。酵母菌所致的甲真菌病甲在其疏松组织中可找到真菌。
