两者都具有很好的防护效果，但灭菌型口罩使用范围更广，生产标准要求更高。
医用外科口罩是医用口罩中等级最高，防护能力最强的口罩，医用外科口罩灭菌和非灭菌都具较好的防护效果，两者最主要的区别就是，医用外科灭菌口罩经过了环氧乙烷灭菌，经过了环氧乙烷灭菌的口罩，可以用在任何临床手术和介入操作的过程中；而医用外科非灭菌口罩则没有经过环氧乙烷灭菌，因此不可以在临床手术和介入操作中使用，相对于医用外科灭菌口罩来说，医用外科非灭菌口罩使用范围比较窄，具有局限性。
但在非手术、非介入的临床工作中，非灭菌医用外科口罩防御病毒、细菌、颗粒，防液体飞溅的能力比一般的医用口罩要好。
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