穿心莲为一年生草本，高50～100cm，全株味极苦。茎直立，多分枝，具四棱，节稍膨大。叶对生，卵状矩圆形至矩圆形披针形，长2～11cm，宽0.5～2.5cm，先端渐尖，基部楔形，全缘或浅波状，上面深绿色，下面灰绿色，侧脉3～4对；叶柄短或近无柄。蒴果长椭圆形，长约1.5cm，两侧呈压扁状，中央具一纵沟。花期8～9月，果期10月。