黄连为多年生草本。根茎黄色，常分枝，密生多数须根。叶全部基生；叶柄长5-12（-16）cm；叶片坚纸质，卵状三角形，宽达10cm，3全裂；中央裂片有细柄，卵状菱形，长3-8cm，宽2-4cm，顶端急尖，羽状深裂，边缘有锐锯齿，侧生裂片不等2深裂，表面沿脉被短柔毛。蓇葖果6-12，长6-8mm，具细柄。种子7-8粒，长椭圆形，长约2mm，宽约0.8mm，褐色。花期2-4月，果期3-6月。