在一定的程度上行咳嗽是一种正常的反射性防御动作，可以清楚清楚呼吸道分分泌物及气道内异物。然而除了这种正常的生理反应外，还有一种原因是由于疾病引起的。

呼吸系统因素

呼吸系统疾病可以引起咳嗽，当人体鼻咽部之小支气管整个呼吸道粘膜受到刺激的时候，均可以引起咳嗽；呼吸道感染也是引起咳嗽的主要原因之一。咽喉炎、喉结核、喉癌等病症都是呼吸系统疾病的一种。

胸膜病变

各种原因导致的胸膜病也能引起咳嗽，例如：胸膜炎、胸膜间皮瘤、自发性气胸、或胸腔穿刺等。

心血管因素

各种原因导致的左心衰竭引起的肺水肿和肺淤血时，均可以引起咳嗽；另外右心房或体循环静脉栓子脱落造成的肺栓塞也可引起咳嗽。

中枢神经系统因素

从大脑皮质发出的冲动传至延髓咳嗽中枢后也可以引起咳嗽，譬如寒冷刺激、脑膜炎等原因时。这种咳嗽，在一定的程度上可以自主控制。

其他因素

服用血管紧张素酶抑制剂、胃食管反流病、习惯性或心理性咳嗽也是引起咳嗽的特定因素之一。

伴随症状

咳嗽本身就是疾病的一种症状，当大多数人咳嗽时候往往还会伴有其他症状的出现，根据疾病的不同咳嗽的伴随症状也不相同，常见的伴随症状有发热、胸痛、呼吸困难、大量浓痰、哮鸣音、杵状指（趾）。