不是。
在玉米种质资源中天生就具有丰富的颜色，可根据籽粒颜色的不同，大致有黄色、白色、紫色、红色、黑色或多种籽粒花色混合等，颜色的呈现是根据自身的基因决定的，而彩色玉米是由一个白色玉米与紫色玉米杂交，在其杂交种的果穗上呈现出多种颜色，同时受到玉米自身的花青素和胡萝卜素等色素影响出现的彩色玉米粒，而非通过生物技术转入的外来基因或是注入了某种颜色形成，因此彩色玉米并非转基因食品。
而且多样的颜色不仅好看，营养中还含有大量花青素，是一种对人体健康有益的天然抗氧化剂，建议日常多吃。
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