红斑狼疮的病因尚未完全明了，目前认为与遗传，感染，内分泌以及环境因素有关。
1.遗传因素
遗传因素是红斑狼疮发病的重要因素，具有红斑狼疮遗传因素的人，一旦遇到某些诱发条件就会发病。黑人、亚洲人患红斑狼疮高于白人，有红斑狼疮家族病史的发病率高，同卵双生子通患SLE的比率可高达70%（24%～69%），而异卵双生子该比率为2%～9%；目前发现与SLE有关的基因位点有50余个，多为HLAⅡ、Ⅲ类基因。
2.内分泌因素
红斑狼疮多发于育龄女性，在儿童和老年人患者中几乎没有性别差异，在红斑狼疮患者中无论男女均匀有雌酮羟基化产物增高。动物实验用雄激素治疗可以缓解病情，而用雌激素治疗可以使病情恶化。
3.环境因素及其他
环境因素是指直接诱发红斑狼疮的因素，通常有紫外线照射以及一些药物如：肼苯达嗪、普鲁卡因、甲基多巴、异烟肼、青霉素等均可诱发药物性红斑狼疮和加重红斑狼疮。
4.感染因素
在系统性红斑狼疮的患者肾小球内皮细胞和皮损中可以找到包涵体以及类包涵体物质，血清中抗病毒抗体增高，动物实验中可分离出C型病毒，并在肾小球内可以测得C型病毒相关抗原的抗体。
