本病除了各种类型之间的鉴别诊断外还需要与其他结缔组织病，细菌或病毒感染性疾病，组织细胞增生症X，恶性网状内皮细胞增多症，血小板减少症，溶血性贫血，各种类型的肾脏病，肝炎，心肌-心包炎，神经系统疾病相鉴别。

以下是系统性红斑狼疮在临床工作中经常会遇到，易发生混淆的疾病和症状，因其处理方法不同甚至截然相反，故需认真鉴别。

1.类风湿关节炎：以关节起病，尤其是类风湿因子阳性的SLE患者，常误诊为类风湿关节炎。SLE关节疼痛、肿胀、晨僵等关节症状均较轻，持续时间短，为非侵袭性，不出现关节畸形。

2.肌炎：SLE肌痛轻，肌酶谱正常，肌电图无异常。多发性肌炎肾脏病变少见，抗-dsDNA抗体、抗-Sm抗体均阴性。

3.结节性多动脉炎：结节性多动脉炎可有皮肤、关节和医学教`育网搜集整理肾脏受累，与SLE有相似表现，但结节性多动脉炎的皮肤改变多为皮下结节，大关节肿痛，血白细胞数常升高，抗核抗体阴性。

4.其他结缔组织病：混合性结缔组织病（MCTD），系统性硬化症，贝赫切特（Beheet，原称白塞病），干燥综合征等。

5.感染：SLE发热与合并感染的鉴别。80%的患者活动期发热，大多医学教`育网搜集整理为低-中等热，需与感染相鉴别。抗生素治疗无效，相关免疫学检查有助诊断。

6.溶血性贫血：约有2%的患者以溶血性贫血起病，不伴或很少伴有SLE其他症状，易误诊。检测抗核抗体谱有助鉴别。

7.血小板减少性紫癜：3%的患者以血小板减少性紫癜起病，不伴或很少有SLE的其他症状，很容易误诊为原发性血小板减少性紫癜。骨髓检查、抗核抗体检测及其他免疫学指标有助于诊断。

8.SLE系统症状与各脏器疾病的鉴别。