冬虫夏草富含蛋白质与糖类，容易霉变及虫蛀。合理的储藏和保管方可保证其质量和药效。
避光
在日光照射下，含有色素的虫草极易变色而且降低质量。
低温
当温度高于30毒以上，虫草容易变干脆，不利于长期或者大量的保存，因此应当注意于适宜温度下储藏。
干燥
虫草应储藏在干燥的环境中，湿度过高，空气相对湿度超过80%时，如果再加上高温等条件，容易促使霉菌的孳生，从而破坏虫草。此外，虫草在受潮后容易化苗，虫体变成空壳，质量降低。
花椒储藏法
如果需要储藏的虫草量较少的话，可以将其与花椒同放在密闭的玻璃瓶中，然后放置于冰箱中冷藏，随取随用。
除氧保鲜
数量较多的虫草保存，一般采用除氧保鲜技术，可较长期的保存，并且不影响虫草的有效成分和商品质量。
