玛卡的营养成分丰富多样，保存时应注意防止生虫，霉变等因素。

防生虫

为防止虫蛀，如果长期保存，玛卡应保存在密封的容器内。在每年虫蛀季节前(3月-4月份)，应取出反复暴晒，以防虫蛀。

防霉变

潮湿的空气是霉菌滋生的主要原因，应该把干燥的玛卡放置通风干燥的的地方。